“เจาะเวลาหาโก๊ะ” เป็นภาคต่อของ “โก๊ะจ๋า ป่านะโก๊ะ” … “กำจัด” พร้อมนักศึกษากลุ่มเดิม และรุ่นน้องจะไปมอบของขวัญให้กับเด็กชาวเขา โดย “พรานโก๊ะ” อาสาจะพาไปเที่ยว แต่ก็พลัดหลงเข้าไปในถ้ำเดิม และเกิดแผ่นดินไหว ทำให้พวกเขาย้อนกลับไปถึงสมัยกรุงธนบุรี ที่มีการรบระหว่างไทยกับพม่า ขณะเดียวกัน พวกโจรป่ากลุ่มเดิมจากภาคแรก ก็ได้ตามราวีถึงในอดีต แล้วพวกเขาจะย้อนกลับมาได้หรือไม่?